Con la ultima versión de veeam nos da un warning en la tarea de la copia de la configuración si esta sin encriptar. Para poder quitar este warning tenemos que añadir una clave de registro en el veeam

Para ello nos vamos al registro de windows, HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Veeam\Veeam Backup and Replication y después añadimos una clave de tipo DWORD con el nombre «ConfigurationBackupSuppressEncryptionWarning» a ella de damos el valor 1

Después de un reinicio ya no nos debería de salir mas esta advertencia.